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Considerando que trata-se de duas operações distintas, uma de coleta de carga própria e outra de transporte de mercadoria vendida, e devido existir validações ao tipo de emitente para emissão do MDF-e, não poderá constar no mesmo manifesto NFe e CTe.

Considerando que existe duas empresas: A (Revendedor) e B (transportadora).

A empresa A compra combustível e vende, logo emite a NF-e.

A empresa B realiza o transporte, logo emite o CT-e e o MDF-e.

De acordo com as validações, caso o emitente do documento esteja enquadrado como Prestador de Serviços de Transportes, somente poderá ser informado documentos CT-e, e para as situações em que o emitente seja Transportador de Carga Própria, somente poderá informar documentos NF e NF-e.

Sendo assim, a responsabilidade sobre a emissão do manifesto eletrônico é sempre de quem está realizando o transporte. Caso o destinatário opte por transportar a mercadoria, ele ficará responsável pela emissão do manifesto.

Desta forma a transportadora que irá coletar e transportar a mercadoria deverá emitir o CT-e e em seguida o MDF-e para o transporte de toda a mercadoria.

A empresa emitente deverá encerrar o MDF-e no final do percurso, caso esteja pendente de encerramento não será possível autorizar novo MDF-e, para o mesmo par UF de carregamento e UF de descarregamento, para o mesmo veículo. Se no decorrer do transporte houver qualquer alteração nas informações do MDF-e (veículos, carga, documentação, motorista, etc.), este deverá ser encerrado e ser emitido um novo MDF-e com a nova configuração.

Recomendamos a leitura complementar da Orientação que trata do MDF-e.

Orientações Consultoria de Segmentos – TQMGMY – MDF-e Quebra por Estado