O Servidor de NF-e irá buscar dentro da pasta de Distribuição o XML da nota fiscal, e caso não encontre, irá fazer o download de forma automática direto no portal da Sefaz.
Pra que possa ser realizado o processo de forma correta, efetue os passoa baixo:

1) Atualizar o Servidor de NF-e 3.1 caso não esteja na última versão disponível;
1.1) Acesse o DocFiscal no navegador;
1.2) Clique em Configurações;
1.3) Clique em Geral;
1.4) Clique em Formação do lote, e no campo quantidade de dias, informe uma quantidade de dias que represente a data de emissão da nota fiscal, que não esta conseguindo encontrar o arquivo XML;
1.5) Clique em Salvar.
2) Atualizar a rotina 1460 para a ultima versão disponível no FTP ou WinThor Upgrade;
2.1) Após atualização da rotina 1460, rodar as opções:
- Funções de NF-e;
- Controle de Nº de NF-e;
- Tabela de Mensagens;
3) Verificar no caminho que foi configurado no DocFiscal para salvar o arquivo XML, se não existe o XML na pasta Distribuição;

Feitas as atualizações, e configurada a quantidade de dias no DocFiscal, pra que o serviço do Servidor consiga fazer a busca pelo arquivo XML da nota fiscal, caso não seja encontrado o XML dentro da pasta de Distribuição, o serviço do Servidor irá recriar a estrutura do processamento do XML no banco de dados, e fará o download do arquivo XML direto do portal NFe, pra que seja possível realizar o envio de forma automática e também extrair o arquivo pela rotina 1452. A busca do servidor será feita todos os dias na parte da manhã.