Passo a Passo:

Para acessar os diretórios acima execute o comando cd / exemplo deste primeiro passo no print abaixo:
Em seguida execute ll para listar o conteúdo do diretório que está acessando:

Exemplo:

Depois para editar execute o comando vim hibernate.properties em cada diretório: 

Comandos para alteração:

editar: i Habilita o cursor para realizar a digitação e alteração.

sair sem salvar: esc :q! sai do diretório sem salvar

sair e salvar: esc :wq! sai do diretório e salva (Recomendado)


Exemplo imagem:



Finalizada a alteração nos três diretórios o tools volta a ficar habilitado.