Em relação a CAT 42, conforme Manual do Sistema de Apuração do Ressarcimento, os itens 3.3.2 a 3.35 tratam da escrituração dos documentos fiscais.

Informa que as operação que possuam ICMS destacado deverão ser consideradas no arquivo, para acompanhamento. Devido o arquivo ter a finalidade de também controlar o estoque, somente as mercadorias que houver movimentação deverá ser considerada na Ficha 3 do arquivo. 
Em relação as mercadorias que não possuem destaque do imposto, não deverão ser levados para o arquivo e serão tratados como se não tivessem saído do estoque, mesmo que ocorra a movimentação de estoque.

Foi questionado através o portal Fale Conosco sobre a necessidade de informar no arquivo as remessas que não movimentam estoque, e tivemos como resposta que se permanece no estoque (mesmo que de terceiros) não será levado para o arquivo.