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A mensagem "CFOP de TRANSPORTE" é apresentada para o Registro tipo 51 do Sintegra pois este registro refere-se a apenas notas que possuem IPI. Deve ser verificado se o CFOP está incorreto em algum produto ou se algum conhecimento de transporte possui Como frete não possui IPI ou o cliente informou o valor de IPI de forma errada em um conhecimento de transporte ou colocou um CFOP de frete para itens que tem IPI.
Para corrigir o problema, identifique o número das notas com o auxilio da rotina 1092, filtrando as notas pelo CFOP indicado pelo validador do Sintegra. Depois, acesse a rotina 1007 ou 1008 e altere as informações conforme a nota registrada no site do portal da NFE e com as instruções do seu contador. Salve a nota e gere um novo arquivo.