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Para ser possível comparar a rotina 1249 com a rotina 1266 é necessário, além de marcar em ambas rotinas a opção "Deduzir Vl. Outras Despesas", na rotina 1249 colocar o arredondamento para 2 casas, pois na maioria dos casos o faturamento arredonda a comissão em 2 casas nos produtos para depois totalizar.
Uma outra alternativa para que os valores fiquem mais próximos é utilizar o parâmetro CALCCOMISSAOEMITENTEDOITEMVENDA = S, pois vai forçar a rotina 1266 a recalcular a comissão nos itens.
Peço que refaça a apuração considerando o arredondamento com 2 casas, caso não seja suficiente tente utilizar o parâmetro CALCCOMISSAOEMITENTEDOITEMVENDA = S.