Os valores de ICMS ST e IPI devem compor a base de Cálculo das Contribuições da Agroindústria, para o cálculo do INSS?

Sim. Dependendo do tipo de empresa (indústria ou comércio) e do tipo de mercadoria, haverá tributação de IPI e ICMS recolhido por Substituição Tributária, estes valores fazem parte da nota fiscal de venda onde ele será somado ao total da nota fiscal. Consequentemente o valor da receita contabilizada estará considerando o valor deste tributo.

Em relação a base de cálculo das contribuições da agroindústria, a Receita Federal através da IN 971/2009 se posiciona da seguinte forma:

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Da Base de Cálculo das Contribuições da Agroindústria
Art. 173. A partir de 1º de novembro de 2001, a base de cálculo das contribuições devidas pela agroindústria é o valor da receita bruta proveniente da comercialização da produção própria e da adquirida de terceiros, industrializada ou não, exceto para as agroindústrias de piscicultura, carcinicultura, suinocultura e avicultura e para as sociedades cooperativas.
Parágrafo único. Ocorre a substituição da contribuição tratada no caput, ainda que a agroindústria explore, também, outra atividade econômica autônoma, no mesmo ou em estabelecimento distinto, hipótese em que a contribuição incidirá sobre o valor da receita bruta decorrente da comercialização em todas as atividades, ressalvado o disposto no inciso I do art. 180 e observado o disposto nos arts. 170 e 171.

Isto posto, considerando que a receita bruta é tudo que é pago pelo adquirente, ou seja, é o valor recebido ou creditado à agroindústria pela comercialização da produção própria e da adquirida de terceiros, industrializada ou não, é do entendimento desta consultoria que os valores de ICMS ST e IPI devem compor a base de Cálculo das Contribuições, pois esses valores fazem parte da receita bruta.