De acordo com o Guia Prático da EFD ICMS IPI, a modalidade de Frete possui 4 indicadores, conforme demostrado abaixo:

No campo 17 "IND_FRT", temos a seguinte orientação em relação ao preenchimento:

Que até 30/06/2012, usar o valor 0 (por conta de terceiros) para os casos em que o tomador é diferente do emitente e destinatário (do documento fiscal que deu origem ao conhecimento de transporte), e após 01/07/2012, deverá usar o valor 2 (por conta de terceiros). Tem-se por tomador quem efetuou o contrato junto à transportadora, arcando com o valor do serviço.

Desta forma deverá sempre observar quem é o responsável pelo frete, para o correto lançamento na obrigação acessória.