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Há somente duas operações no modulo Faturamento Protheus que integram com o Modulo GFE (além dos cadastros) :

Simulação de Frete (dentro do Pedido de Vendas)
Documento d de Carga (após a geração da Nota Fiscal de Saída) 

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Ao incluir um Pedido de Vendas, acessar Outras Ações - Simulação

Quando o calculo é realizado corretamente, do lado esquerdo aparece o simbolo 



Caso haja alguma inconsistência ou seja necessário um detalhamento do calculo, é possível clicar em " Detalhes " e avaliar a forma como o modulo GFE está realizando a seleção

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E a transportadora selecionada será adicionada ao Pedido de Vendas 

Integração Documento de Carga

Criar Após incluir um Pedido de Vendas, Liberar o Pedido, Liberar Crédito e Estoque e gerar a NF (processo padrão do Faturamento)

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o Documento de Carga será criado de forma automática (sem nenhuma tela adicional no Processo)

Para acessar o Documento de Carga é necessário logar no Módulo Gestão de Frete Embarcador (GFE) e seguir o Menu : Atualizações - Movimentação - Expedição/recebim - Documento de Carga