Encontrado erro que ao integrar a nota, nos cálculos da tabela definitiva, não estava sendo utilizado o Regime de Tributação informado na nota.
Corrigido erro alterando os lugares que utilizam o Regime de Tributação na tabela definitiva, para utilizar primeiramente o do item, depois o da nota, e depois o que estava sendo utilizado na regra.
Atualizar o sistema para a versão 20.01.
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033 ou versão superior.
Os procedimentos podem ser realizados através do AcruxRecebimento > Atacado/Varejo > Recebimento de Notas