Erro encontrado ao fazer o controle dos pedidos a serem vinculados, onde a ordenação do select que busca os itens da NF estava incorreta. Com isso a quantidade dos pedidos era vinculada incorretamente, fazendo com que no recebimento das próximas notas não houvesse saldo.
Corrigido o vínculo dos pedidos, para que fiquem com as quantidades corretas
Atualizar o sistema para a versão 20.01.
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034 ou versão superior.
Os procedimentos podem ser realizados através de AcruxRecebimento > Atracado/Varejo > Entrada Automática de Transferência