Inicialmente vamos

detalhar a finalidade dos códigos de ajustes para o Estado de São Paulo:

SP40090207 - Entrada de mercadoria, oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado ou utilização de serviço iniciado fora do território paulista - Diferencial de alíquota. Artigo 117, II do RICMS/00.

II - como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", com a expressão "Inciso II do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto decorrente da aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo correspondente à operação ou prestação aludida no inciso anterior.

SP10090718 - Entrada de mercadoria, oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou utilização de serviço iniciado noutro Estado - Diferencial de alíquota. Artigo 117, I do RICMS/00

I - como crédito, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Inciso I do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto pago em outro Estado, relativo à respectiva operação ou prestação;

O documento fiscal relativo à operação ou à prestação será escriturado no livro Registro de Entradas, devendo ser anotado, na coluna "Observações", o valor correspondente à diferença do imposto devido a este Estado, com utilização das colunas sob os títulos "ICMS - Valores Fiscais" e "Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto".

Já na EFD-ICMS/IPI, deverá ser informado no Registro C197, que tem  por objetivo  detalhar outras obrigações tributárias, ajustes e informações de valores do documento fiscal do registro C195, que podem ou não alterar o cálculo do valor do imposto.

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Dessa forma entendemos que os valores de diferencial de alíquota, conforme o código de ajuste acima mencionado, deverão constar no Campo 08 (VL_OUTROS) , ou seja, preencher com outros valores, quando o código do ajuste for informativo.

Para complementar, veja também a documentação disponível no link:

Orientações Consultoria de Segmentos - TQIPOE - Crédito diferencial de alíquota no Ativo Imobilizado - SP