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No Pagamento do Borderô, arquivo de remessa,  existe uma regra de priorização para a escolha da conta bancária:

1-Se o título é de origem do módulo de prestação de contas, buscará a Conta Corrente informada no adiantamento ou acerto. Porém, a partir da release 12.1.2301,  será priorizada a conta do item de borderô em caso de alteração. 

2-Se o adiantamento ou acerto não foi encontrado ou o título não é do módulo prestação de contas, busca a Conta Corrente informada no item do Borderô.

3-Se a Conta Corrente não foi informada no item do Borderô, busca a Conta Corrente informada no cadastro do fornecedor.

Mais detalhes em: https://centraldeatendimento.totvs.com/hc/pt-br/articles/360028552412-Cross-Segmentos-Linha-Datasul-APB-Origem-das-informa%C3%A7%C3%B5es-extra%C3%ADdas-para-o-pagamento-escritural