Ao se fazer a importação do portal da prefeitura do arquivo com as RPS, a mesma não disponibiliza um arquivo de Retorno para atualização do ERP/TSS, a solução para o problema é acessar as "Consultas nfs-e Emitidas" e baixar 1 a 1 os arquivos de XML das notas geradas, e utiliza-los para a atualização do TSS, que irá extrair os dados desses XMLs e atualizar o ERP.
Para importar o arquivo no portal da prefeitura somente possível pelo Microsoft Edge.