O compartilhamento Nativo do Protheus não causa este problema.

Ocorre apenas se o modo de compartilhamento das tabelas é modificado (geralmente na implantação para atender à gestão de negócios) sem considerar a criação das chaves primárias.

Há duas opções para que o problema não ocorra:

• Alterar o compartilhamento das Tabelas de forma que o Financeiro e o Faturamento estejam compatíveis (ou ambos compartilhados, ou ambos exclusivos).
  Se for uma base antiga, já com muitos dados é provável que não seja uma opção viável para sua base. Avalie a opção seguinte.

• Customizar a geração do Prefixo do titulo, de forma que cada Filial gere um prefixo. Assim os títulos são gerados com numeração diferente:
  Para utilizar o Financeiro Compartilhado entre filiais, com movimentos de Saída (contas a receber) Exclusivos, é necessário tratar o parâmetro MV_1DUPREF por filial para formação da chave primária com prefixo diferente para que não ocorra erro de chave duplicada na SE1
  Para esta alternativa, o tratamento é realizado por uma expressão ADVPL chamada por ExecBlock conforme exemplificado no link: https://interno.totvs.com/mktfiles/tdiportais/helponlineprotheus/p12/portuguese/sigafin_integracao_modulos_materiais.htm