Objetivo:

Informar funcionários em uma filial com CNPJ SCP (Sociedade em Conta de Participação), sendo que o CNPJ da SCP é diferente do CNPJ da matriz. 

S-1005 - Tabela de Estabelecimentos, Obras ou Unidades de Órgãos Públicos

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S-1020 - Tabela de Lotações Tributárias

Segue instruções retiradas do site eSocial em Perguntas Frequentes

04.75 - (28/08/2018) Como informar os trabalhadores da empresa que foram contratados numa Sociedade em Conta de Participação (SCP)? Tentei informá-la como filial, mas o eSocial apresenta erro por não ter o mesmo CNPJ raiz.
Caso a empresa seja sócia de uma Sociedade em Conta de Participação (SCP) e queira distinguir seus empregados que trabalham nela, deverá cadastrar a SCP como lotação tributária, na sua tabela (evento S-1020)

Para gerar o evento S-1020 com o CNPJ da SCP siga o passo Tomador de serviço.

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