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Caso o validador da GIA SP gera a divergência:

O Valor Contábil não é igual a soma dos valores de Base de Cálculo, isentas e Não Tributadas, Outras, Imposto Retido por Substituição Tributária e Outros Impostos. 
Retorne à aba Lançamento de CFOP para corrigir a inconsistência. Caso esta situação esteja correta, dê duplo clique sobre o CFOP correspondente para prosseguir. 

Caso E o valor do CFOP esteja realmente realmente errado, será necessário corrigir o valor contábil no lançamento da nota fiscal, para após processar o OF0736 para gera o arquivo da GIA SP com valor correto.