Primeiro deve verificar se no processo 00003 (Contribuinte Individual Mensal) existe o roteiro AUT cadastrado:

No processo 00003 só pode constar o roteiro AUT cadastrado e se houver benefícios para o mesmo os roteiros referentes a benefícios. Os roteiros FER, RES, ADI e FOL não podem ser utilizados para categoria AUTÔNOMO.

Em Atualizações > Funcionários > Autônomos

Em Miscelânea > Cálculos > Por Roteiros

Em Consultas > Cálculos > Por funcionário, Selecione o autônomo e visualize:

Caso o autônomo não possui salário, deve ser lançada a verba com ID 0218 em Atualizações > Lançamentos > Por funcionário e fazer o processo de folha, e caso ele recaba mais do que um pagamento (pagamento por semana), obrigatoriamente deverá ser fechado o período da semana para lançamento de outro pagamento, isso para que o sistema calcule o IRRF corretamente, de acordo com a semana de pagamento.