Passo a passo:

Para que o ST Guia não gere a guia de contas a pagar, no momento da entrada da mercadoria marque como Não o parâmetro 3061- Gerar contas a pagar do ST GUIA na rotina 132 - Parâmetros da Presidência .
O valor do ST Guia será lançado nas rotinas fiscais, mas não será gerado a guia do contas a pagar, e na rotina 1301 não terá a opção para gerar a guia do ST. Posteriormente deverá se lançado na rotina 749- Incluir Titulo a Pagar uma guia única de recolhimento de ST, conforme a apuração 1076 - Relatório de Entradas com ST.