Existem casos nos quais o contribuinte necessita simplesmente trocar a NFS-e, ainda que válida, mas emitida com algum dado incorreto. Nestes casos, o contribuinte poderá simplesmente substitui a NFS-e emitida com erros por outra NFS-e.

A original será cancelada pela Prefeitura e a nova tomará seu lugar, registrando um vínculo entre a NFS-e substituída e a NFS-e substituta.