De acordo com o Guia prático da EFD ICMS IPI, quando o participante não estiver localizado no Brasil, o campo deverá ser gerado em branco, conforme orientação de preenchimento do campo:

Em consulta ao Perguntas Frequentes disponibilizado no Portal SPED, encontramos um questionamento sobre o preenchimento com zeros, onde temos:

Desta forma esclarece que, mesmo que o documento conste o CNPJ preenchido com zero, ao gerar a EFD ICMS IPI, o campo não deverá ser preenchido.