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A partir da versão 12.1.2310 na aba Dados do certificado os campos Instituição de registro e Instituição de emissão passa a ter um comportamento diferente conforme abaixo.

Se for inserir um registro o campo instituição de registro é condicionado ao campo de registro em outra IES na matriz aplica, ou seja, se for registrado em outra IES o campo instituição de registro ficará disponível para seleção das instituições, porém se não for registrado em outra IES, este campo ficará somente leitura e o mesmo será preenchido automaticamente pela Instituição do MEC, que é definida nos parâmetros da secretaria. Já o campo instituição de emissão ficará somente leitura e será preenchido automaticamente pela Instituição do MEC, que é definida nos parâmetros da secretaria.
Se for editar estes campos também irão seguir a regra acima caso os campos instituição de registro e emissão estiverem vazios, se já tiverem sido preenchidos por uma instituição de ensino nada mudará para estes campos. 

O intuito desta implementação é unificar as instituições registradora e emissora nos certificados e diplomas, não sendo necessário ter a instituição do MEC e instituição de ensino com os mesmos valores. Vale ressaltar que instituição emissora sempre é a própria instituição, que chamamos de instituição do MEC e instituição registradora para certificados também é a própria instituição (instituição do MEC) e para diplomas irá depender do campo registro em outra IES na matriz aplica, se não for registrado também é a própria instituição (instituição do MEC), se for registrado em outra IES será um outra instituição que é cadastrada em instituição de ensino.