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Especificamente a este cenário com CT-e : 

O julgado do STF que estabelece a TESE "o ICMS não faz parte da Base de Cálculo do Pis e da Cofins" trouxe várias discussões relacionadas ao cálculo dos tributos, e uma delas é justamente como compor o valor da base de cálculo, quando houver incidência de tributos indiretos que fazem parte do custo da mercadoria ou prestação de serviços, e que normalmente é chamado de "cálculo por dentro". 
Por tributos indiretos, temos aqueles que incidem sobre os produtos e serviços e por este motivo, o seu montante compõe a base de cálculo seu próprio valor a recolher. Isso ocorre com o ICMS, com o Pis e Cofins, com o ISS entre outros. 
Aviso
titleImportante!
É importante ressaltar que estes são apenas exemplos de como utilizar o Configurador de Tributos.
É de responsabilidade do usuário do Protheus interpretar a legislação, analisar e efetuar a melhor configuração para o seu contexto de operação.
02. CONFIGURAÇÕES
As  configurações a seguir serão baseadas no seguinte contexto:
Prestação de serviço de transporte interestadual, intermunicipal e de comunicação, o valor da base de ICMS deve ser igual ao valor cobrado pelo serviço, CT-e emitido a clientes, somando os valores de tributos ao total da nota e duplicata.
Cadastro de PERFIS
A primeira coisa que é preciso fazer é efetuar o cadastros dos perfis que irão caracterizar nossa operação e assim fazer com que o calculo dos tributos sejam enquadrados corretamente.
O cadastro de Perfis determina quando o tributo deverá ser calculado, tendo como base os perfis de Produto, Operação, Participante e Origem/Destino.
Perfil de produtos
Cadastrarei um perfil simples, contudo podem ser ajustados e incluídos produtos de acordo com a necessidade do cenário especifico de cada Cliente. 
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Perfil de Operação
           O perfil abaixo contém todas os CFOPs que designam operações de revenda.
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Perfil de Participante
          Como nossa operação é interna e se trata de uma revenda, defini apenas um cliente dentro deste perfil, porém poderia ter vários clientes.
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Perfil de Origem e Destino
         Neste caso apenas defini uma origem com um destino nesse perfil deixando ele bem específico para UF SP, mas poderia ter vários outros nesse mesmo perfil.
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Cadastro de Regras de Cálculo Documento Fiscal
O cadastro de Regras de Cálculo Documento Fiscal determina os cálculos que serão realizados através da Regra de Base de Cálculo, Regra de Alíquota, Regra de Escrituração e Regra de Cálculo - Documentos Fiscais. 
Aqui farei os cadastros para que sejam calculados ICMS, PIS/COFINS alíquota fator conversão e PIS/COFINS alíquota normal.
Regra de base de cálculo geral
Para a base de calculo do ICMS será definido o valor de origem 01 - Valor da mercadoria. Poderia ser usada qualquer das opções existentes no campo Valor Origem. Como este é apenas um exemplo, optei por usar apenas o valor da mercadoria. Essa é uma base geral que além de ser usada para calcular o ICMS será usada para calcular o PIS e a COFINS alíquota normal.
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Regras de Alíquotas ICMS/PIS/COFINS padrão
            Aqui farei inicialmente estes cadastros pois serão utilizados como base para composição de alíquotas fator conversão nos próximos passos.
             ICMS | PIS | COFINS - Alíquota informada manualmente de tipo percentual;
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         Regra de base de cálculo PIS/COFINS alíquota fator conversão
 Para a base de calculo de PIS/COFINS alíquota fator conversão defini o calculo por formula manual. Assim, eu posso editar a formula do calculo conforme;
         Detalhamento da formula de Calculo 
Exemplo formula de cálculo PIS
Aplicação no Configurador de Tributos
Alíquota padrão do PIS * ( 1 - Aliq. ICMS / 100)
 A:AL065P * ( ( 1 - ( A:AL12IC / 100 )  ) )
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Exemplo formula de cálculo COFINS

Aplicação no Configurador de Tributos
Alíquota padrão do COFINS * ( 1 - Aliq. ICMS / 100)
 A:AL3COF * ( 1 - A:AL12IC  / 100 )
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 Calculo do ICMS
    Regra de alíquota de ICMS
Para a alíquota de ICMS usarei o valor definido manualmente, mas a utilização do Valor de Origem 01 - Alíquota do ICMS que assim como a base do ICMS já prevê as possibilidades comuns de alíquota em operações interestaduais e internas. Contudo, como a tela pressupõem é possível configurar da maneira mais adequada conforme o contexto.
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  Regra de escrituração de ICMS
Para este caso o ICMS será calculado e escriturado como tributado, somando ao total da nota e duplicata, se aplica também ao Pis e Cofins neste cenário.
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Regra da Base de cálculo de ICMS
Aqui a base de calculo será definida em Formula Manual, assim conseguiremos definir conforme a formula, que neste caso é o valor da mercadoria pelas alíquotas e fatores de conversão somados.
Regra de Alíquota Fator Conversão
 Aqui nesta Regra de Alíquota deverá ser em Formula Manual, assim conseguiremos definir conforme a formula, que neste caso é a subtração da soma das alíquotas (ICMS, Alíquotas PIS/COFINS Fator conversão) de 1 .
     
Exemplo formula de Alíquota Fator Conversão
Aplicação no Configurador de Tributos
1 - (ICMS, Alíquotas PIS/COFINS Fator conversão)
   1 - ( ( A:AL12IC + A:00264A + A:00057P )  / 100 )
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 Detalhamento da formula da Base de Calculo ICMS
Exemplo formula de Base de cálculo ICMS
Aplicação no Configurador de Tributos
Valor da Mercadoria dividido pela  Alíquota Fator Conversão
  ( O:VAL_MERCADORIA / A:ALLFAT )
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       Regra de cálculo - Documentos Físicas ICMS
Aqui amarramos os cadastros do ICMS que fizemos anteriormente; Definição do tributo, base de calculo, alíquota do ICMS, "Configuração de arredondamento (Truncando)", escrituração e perfis.
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Regra de cálculo - Documentos Físicas PIS
Aqui amarramos os cadastros do PIS que fizemos anteriormente; Definição do tributo, base de calculo, alíquota do PIS, "Configuração de arredondamento (arredondando)", escrituração e perfis.
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Regra de Base de Calculo PIS
Aqui nesta Regra de Base de Cálculo deverá ser em Formula Manual, assim conseguiremos definir conforme a formula, que neste caso é a mesma Base do ICMS que foi dividida pelo fator, subtraindo o valor de tributo calculado pela regra do ICMS. 
Exemplo formula de Base de cálculo PIS
Aplicação no Configurador de Tributos
Valor da Mercadoria dividido pela  Alíquota Fator Conversão, menos o valor de tributo calculado no ICMS
  B:BICDFT - VAL:ICMFAT
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    Regra de cálculo - Documentos Físicas COFINS
    Aqui amarramos os cadastros do Cofins que fizemos anteriormente; Definição do tributo, base de calculo, alíquota do Cofins, "Configuração de arredondamento (arredondando)", escrituração e perfis.
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Regra de Base de Calculo COFINS
Aqui nesta Regra de Base de Cálculo deverá ser em Formula Manual, assim conseguiremos definir conforme a formula, que neste caso é a mesma Base do ICMS que foi dividida pelo fator, subtraindo o valor de tributo calculado pela regra do ICMS. 
Exemplo formula de Base de cálculo PIS
Aplicação no Configurador de Tributos
Valor da Mercadoria dividido pela  Alíquota Fator Conversão, menos o valor de tributo calculado no ICMS
   B:BICDFT - VAL:ICMFAT
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03. CÁCULOS NA NOTA FISCAL
Pedido de venda
Memória de cálculo
ICMS
No ICMS o valor da base deve ser igual ao valor cobrado pelo serviço, CT-e emitido a clientes, somando os valores de tributos ao total da nota e duplicata.
           A Base do ICMS e do Pis/Cofins com a decisão do STF que exclui o ICMS da Base de Cálculo do Pis e da Cofins.
Exemplo de valores: 
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ICMS | PIS/COFINS

Calculo sugerido pela consultoria “com ressalva de consulta ao fisco” é o seguinte;

Multiplicar as alíquotas (PIS e COFINS) por (1 - Alíquota do ICMS) = Fator de Conversão

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Dividir o valor da mercadoria pelo Fator de Conversão ajustado para definir a base do ICMS

Para definição da Base de Pis e Cofins utilizar o valor da mercadoria dividido pelo Fator de Conversão ajustado, subtraindo o valor calculado no tributo de ICMS.


Valor da mercadoria = 51.000,00

Alíquota PIS /COFINS = 0,65%/

Alíquota COFINS = 3,00%

Alíquota ICMS = 12%

Fator Conversão PIS = 

Fator Conversão COFINS =

Fator Conversão Ajustado =

Base ajustada ICMS = 

Base Ajustada PIS =

Base Ajustada COFINS =

Valor do ICMS = 1.000 * 0,12 = 900

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