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Conforme atualizações nas diretrizes do documento fiscal CT-e modelo 57 a partir de Abril de 2023, por meio do Ajuste Sinief 31/2022, não será mais exigido para o tomador pessoa física a emissão da declaração mencionando o número e data da emissão do CT-e emitido com erro e o motivo do erro, e para o tomador pessoa jurídica, não será mais exigido a emissão de NF-e de  “Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte”. Em ambos os casos, passará a ser exigido somente o envio do Evento de Desacordo do CT-e. Com isso, o prestador não será obrigado a emitir o CT-e de anulação, emitindo, se for o caso, apenas o CT-e de substituição. 

Sendo assim, cada Unidade Federativa passou a direcionar seus contribuintes quanto a forma correta de formalizar esses estornos dentro das operações de entradas e saídas desses documentos através dos códigos fornecidos pela Tabela 5.3 da EFD-ICMS/IPI - Tabela de Ajustes e Informações de Valores Provenientes de Documento Fiscal.

Para tratamento dessa operação, temos um exemplo do Fisco do Mato Grosso que orientou em seu Fórum de perguntas e respostas o seguinte procedimento:

"Referente a alteração, através do Ajuste Sinief 31/2022, foram criados dois códigos de ajuste na tabela 5.3, para escrituração dos CT-e substituído e substituto, conforme orientações abaixo: 

MT20001002|Estorno de Débito: Estorno de débito pelo prestador do serviço do CT-e substituído, conforme Cláusula décima sétima, Ajuste Sinief 09/2007|01042023| 

MT50001002|Estorno de Crédito: Estorno de crédito pelo tomador do serviço do CT-e substituído, conforme Cláusula décima sétima, Ajuste Sinief 09/2007|01042023|

Procedimentos EFD: o prestador do serviço deve escriturar ambos os CT-e e informar o estorno de débito MT20001002 no Registro D197 filho do D100 do CT-e original (substituído) no valor total do mesmo. Este débito do CT-e substituto deve ser informado no Registro E116 com o Campo 10 igual ao mês de prestação do serviço (mês emissão CT-e substituído). O tomador do serviço deve escriturar ambos os CT-e de entrada, informando o estorno de crédito MT50001002 no Registo D197 do CT-e original (substituído). Caso os CT-e substituído e substituto tenham sido emitidos em períodos diferentes, a EFD do CT-e original deve ser retificada, caso ainda não tenha sido enviada."

Assim como o Fisco de São Paulo orienta o estorno dos créditos referentes ao CT-e substituído, após a escrituração do Ct-e substituto, conforme RESPOSTA À CONSULTA TRIBUTÁRIA 28751/2023

 (...)

7. Prosseguindo, pelo procedimento de substituição, após registro do evento pelo tomador do serviço indicado no CT-e original, o transportador deverá emitir o CT-e substituto, que, para todos os efeitos, substituirá o CT-e original, sendo que o documento substituído deverá ser referenciado no CT-e substituto e o motivo do erro também deverá estar especificado no novo documento fiscal. Além disso, está expresso que o tomador somente poderá utilizar-se de eventual crédito decorrente do procedimento somente após a escrituração do CT-e substituto.

8. Nesse sentido, resta claro, que no âmbito do procedimento de substituição do CT-e, o novo documento fiscal emitido (com as informações corretas) irá substituir para todos os efeitos o CT-e original (emitido com erro), sendo necessário que todos os efeitos da prestação erroneamente registrada com base em CT-e substituído sejam anulados.
10. Além disso, se o contribuinte se apropriou de montante de crédito calculado em relação a documento fiscal que foi posteriormente substituído, deverá ser igualmente estornado o crédito erroneamente apropriado em sua escrituração.

(...)

Podemos entender então, que cada UF demandará o procedimento para estorno de crédito nas operações com escrituração de CT-e substituídos. Por via de fatos, vimos nos exemplos acima que normalmente os dois documentos são mantidos na escrituração do tomador contribuinte, porem para a correta tomada de crédito, deve-se estornar os créditos do CT-e substituído, ou seja, do documento original, para que não existam duplicidades no aproveitamento desses créditos. É importante que cada contribuinte verifique em sua UF de origem qual é o procedimento correto/completo de estorno nessas situações para não haver erros e/ou falta de informações.