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Para configurar corretamente o o desconto da Zona Franca de Manaus no configurador deve-se criar uma TES genérica (Calc. ICMS = Não e Calc. IPI = Não) e fazer toda a configuração de Base, Alíquota e Regra de calculo no configurador. Outra alternativa é utilizar no perfil de base de calculo do configurador 06 - Base ICMS origem. 

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Com proceder para operações com tributos que possuem em sua Base de Cálculo abatimento de outros tributos??

Em uma operação em que os tributos são configurados por meio do Configurador de Tributos, é crucial considerar que, caso algum desses tributos incida na base de cálculo de outro tributo, torna-se indispensável que todos os tributos envolvidos na operação sejam calculados exclusivamente via Configurador de Tributos.

A título de exemplo, consideremos o ICMS, PIS e COFINS em uma operação em que o valor do ICMS é abatido da base de cálculo do PIS e COFINS. Para realizar o abatimento do ICMS nas bases de cálculo do PIS e COFINS, é essencial que o ICMS, PIS e COFINS sejam adequadamente parametrizados pelo Configurador de Tributos. Os tributos PIS e COFINS, sujeitos a abatimentos em suas bases de cálculo, devem ter incorporados em suas fórmulas o desconto correspondente ao ICMS.

No cenário exemplificado, a utilização do ICMS parametrizado pelo Configurador de Tributos em conjunto com a manutenção do PIS e COFINS pelo sistema legado resultará em um funcionamento inadequado e possíveis inconsistências. Embora seja possível configurar apenas parte dos tributos no documento através do Configurador de Tributos, o tributos que continuem no legado, não podem depender dos tributos calculados pelo Configurador de Tributos para deduções ou adições, a fim de garantir uma integridade no processo de cálculo.

Vide documentação:

https://tdn.totvs.com/pages/viewpage.action?pageId=790631456A estrutura e o versionamento do configurador hoje, impedem a exclusão de perfis, bases de cálculo, alíquotas e outros atributos que foram amarrados a uma regra de cálculo em algum momento, mesmo que não usados. Isso ocorre para garantir que os cálculos reflitam a regra da data da operação original em caso de reprocessamento dos documentos.