Sim, através da seguinte configuração. Para cada URL do e-commerce, deve cadastrar o login/senha do WebService da integração e um usuário Protheus e-commerce (com permissão de caixa no loja), fazendo a

amarração com os parâmetros correspondentes (Disponíveis nos links abaixo). Para um melhor controle fiscal e interno, recomendamos que cada Site/Portal integrado possua sua própria série e sequencia de notas/cupons, controladas por diferentes tabelas pelo parâmetro MV_TPNRNFS (Ex.: Portal 1 = SX5, Portal 2 = SXE/SXF, etc) Nesse caso os parâmetros deverão ser exclusivos, e para cada URL deverá existir uma filial no sistema.