O CT-e de Anulação deverá ser emitido quando o tomador de serviço não é contribuinte do ICMS, pois este não tem condições de emitir um documento fiscal seja este eletrônico ou não, conforme consta na página 178 do Manual do CT-e versão 3.00

Se o tomador do serviço for contribuinte do ICMS, ele deve emitir um documento fiscal e será este documento a ser informado ao emitir o CT-e de Substituição.

No CT-e de substituição devemos relacionar outros 2 documentos, sendo que um é o CT-e Original e o segundo é o documento emitido pelo tomador, se o tomador não é contribuinte do ICMS ele não tem como emitir, neste caso é a própria transportadora que emite e esse documento emitido é o CT-e de Anulação.

Em relação a Tag <infCteAnu> , o grupo possui apenas dois elementos, sendo que um é a chave do CT-e que será anulado e o outro é a data de emissão da declaração do tomador.

E na emissão do CT-e de Substituição deverá gerar o grupo <infCteSub> (conforme página 177), dentro desse grupo deverá informar a chave do CT-e original e a chave do CTe de Anulação.

Mas quando o tomador é contribuinte do ICMS, este deverá emitir um documento fiscal (NF-e ou NF comum de papel ou CTe) que será informado em: refNFe ou refNF ou refCTe conforme o documento emitido pelo tomador.

Neste caso não cabe a emissão do CT-e de Anulação, e sim apenas o CT-e de Substituição.

Desta forma deverá verificar quais informações, que estão sendo demonstradas no arquivo para correção da rejeição.