A nota fiscal complementar de Importação tem previsão legal, dentro dos regulamentos de ICMS dos Estado, já que em regra alteram base de cálculo do ICMS. É perfeitamente cabível, que no momento do desembaraço aduaneiro da mercadoria importada, não se tenham todo o valor das despesas de importação, ou ainda não se consiga calcular com exatidão, a base de cálculo do ICMS. De acordo artigo 1.º, inciso XI da Lei n.º 11001 de 22/12/2001 e o item 2.3 do Comunicado CAT n.º 68 de 26/12/2001, além dos valores que já integravam a Base de Cálculo do ICMS (valor CIF, IPI, II, IOF e demais despesas aduaneiras), deverá ser acrescido o valor do ICMS em sua própria Base de Cálculo, sendo o cálculo realizado " por dentro" também nas importações. 

A nota fiscal Complementar deverá ser emitida, sempre que diferença nos valores não informadas na nota fiscal de importação, como as despesas com armazenagem, taxa SISCOMEX, frete, comissões do despachante, ou seja, quando o custo de importação for superior ao valor informado na NF-e de importação original, conforme regulamenta Decisão Normativa CAT 6/2015.

Importante salientar aqui que a nota fiscal de despesas de importação, já é um complemento da nota fiscal original de importação. Porém, nada impede que seja emitida uma nova nota fiscal de complemento de preço ou de imposto, dentro do período de apuração, caso tenha o contribuinte incorrido em erro de classificação, gerando um recolhimento a menor de algum tributo incidente na operação, que faça parte da base de cálculo do ICMS, deixando esse valor também incorreto. 

Neste caso, será necessário buscar os procedimentos no Estado em que o contribuinte esteja cadastrado para regularizar a situação e emitir o documento complementar do imposto, já que ao observar as regras de validação da NF-e Complementar, não se pode referenciar mais de um documento fiscal para a mesma Nota Fiscal Original: 

O fisco paulista determina através de seu regulamento de ICMS que deve ser emitido um documento complementar, sempre que houver incorrido no rol do artigo 182, que diz: 

SEÇÃO V - DAS DISPOSIÇÕES COMUNS AOS DOCUMENTOS FISCAIS

SUBSEÇÃO I - DAS DISPOSIÇÕES APLICÁVEIS A TODOS OS DOCUMENTOS FISCAIS

Artigo 182 - Os documentos fiscais previstos no artigo 124 serão também emitidos, conforme o caso (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, Convênio de 15-12-70 - SINIEF, art. 21, e Convênio SINIEF-6/89, arts. 4º e 89):

I - no reajustamento de preço em razão de contrato escrito ou de qualquer outra circunstância que implique aumento no valor original da operação ou prestação;

II - na exportação, se o valor resultante do contrato de câmbio acarretar acréscimo ao valor da operação constante na Nota Fiscal;

III - na regularização em virtude de diferença no preço, em operação ou prestação, ou na quantidade de mercadoria, quando efetuada no período de apuração do imposto em que tiver sido emitido o documento fiscal original;

IV - para lançamento do imposto, não efetuado em época própria, em virtude de erro de cálculo ou de classificação fiscal, ou outro, quando a regularização ocorrer no período de apuração do imposto em que tiver sido emitido o documento fiscal original;

V - na data do encerramento das atividades do estabelecimento, relativamente à mercadoria existente como estoque final;

VI - em caso de diferença apurada no estoque de selos especiais de controle fornecidos ao usuário pelas repartições do fisco federal ou estadual para aplicação em seus produtos, desde que a emissão seja efetuada antes de qualquer procedimento do fisco.

Para a importação, o Estado Paulista ainda dispõe as regras em seu artigo 137 do RICMS SP: 

Artigo 137 - Relativamente à mercadoria ou bem importado a que se refere a alínea "f" do inciso I do artigo anterior, observar-se-á, ainda, o seguinte (Lei 6.374/89, art. 67, § 1°, Convênio de 15-12-70-SINlEF, art. 55, na redação do Ajuste SlNlEF-3/94, cláusula primeira, XII; Convênio ICM-10/81, cláusula quarta, §§ 1º, 2º, 3º e 4º, o segundo na redação original e os demais na redação do Convênio ICMS-132/98, cláusulas primeira e segunda, e Convênios ICMS-49/90 e ICMS-121/95):

I - quando a mercadoria for transportada de uma só vez, o transporte será acobertado pelo documento de desembaraço e pela Nota Fiscal;

II - tratando-se de remessa parcelada, a primeira parcela será transportada com a Nota Fiscal relativa à totalidade da mercadoria, na qual constará a expressão "Primeira Remessa", e com o documento de desembaraço; cada posterior remessa será acompanhada de Nota Fiscal, na qual, além dos demais requisitos, serão indicados:

a) o número de ordem e a data do documento de desembaraço;

b) a identificação da repartição onde se tiver processado o desembaraço;

c) o número de ordem, a série e a data da emissão da Nota Fiscal relativa à totalidade da mercadoria;

d) o valor total da mercadoria importada;

e) o valor do imposto, se devido, bem como a identificação da respectiva guia de recolhimentos especiais;

III - o transporte da mercadoria far-se-á acompanhar, também, da correspondente guia de recolhimentos especiais, quando for o caso, podendo esta, a partir da segunda remessa, ser substituída por cópia reprográfica autenticada;

IV - conhecido o custo final da importação e sendo ele superior ao valor consignado no documento fiscal referido nos incisos I ou II, será emitida Nota Fiscal, no valor complementar, na qual constarão:

a) todos os demais elementos componentes do custo;

b) remissão ao documento fiscal emitido por ocasião da entrada da mercadoria;

V - a Nota Fiscal do valor complementar, emitida nos termos do inciso anterior, além do lançamento normal no livro Registro de Entradas, terá seu número de ordem anotado na coluna "Observações", na linha correspondente ao lançamento do documento fiscal emitido por ocasião da entrada da mercadoria no estabelecimento.

§ 1º - Se a operação estiver desonerada do imposto em virtude de isenção ou não-incidência, bem como no caso de diferimento, suspensão ou outro motivo previsto na legislação, o transporte da mercadoria deverá ser acompanhado, além da Nota Fiscal e do documento de desembaraço, quando exigidos, da Guia para Liberação de Mercadoria Estrangeira sem Comprovação do Recolhimento do ICMS, que obedecerá ao modelo contido no Anexo/Modelos e será emitida de acordo com disciplina estabelecida pela Secretaria da Fazenda.

§ 2° - Para efeito deste artigo, é permitido ao estabelecimento importador manter talão de Nota Fiscal em poder de preposto, hipótese em que fará constar essa circunstância na coluna "Observações" do livro Registro de Utilização de Documentos Fiscais e Termos de Ocorrência.

Sugerimos para leitura a Orientação: Orientações Consultoria de Segmentos - Nota Fiscal de Complemento de Imposto SP