Conforme demonstrado no Manual de Orientações do eSocial e do Layout da versão S-1.3, entende-se que a transferência de empregado entre empresas da mesma raiz CNPJ?

Empresas com o mesmo CNPJ Raiz por exemplo

Empresa Origem:                             Empresa Destino:

CNPJ: 45.678.901/0001-34                CNPJ: 45.678.901/0008-45

Nesse cenário, deve-se ser transmitido o evento S-2206 - Alteração de Contrato de Trabalho/Relação Estatutária, informando a alteração de CNPJ, no exemplo da origem 0001-34 para o destino 008-45. através do campo 58 "nrInsc": 

Dessa forma, a data de transmissão do evento S-2206, será a data de "transferência" do empregado entre as filiais.